德川幕府时代,江户城内有位背负着百条人命的杀手——万次。他拥有无限的生命、杀不死的身体,万次为了赎罪立誓要斩千个恶人。认定“只有胜利才是剑之王道”的逸刀流统主天津影久,残忍地杀害了十六岁少女凛的父母。她为了报血海深仇,找上万次当她的保镖去消灭「逸刀流」。
故事讲述了日本还处于江户时代的1792年,万次杀死了做恶的贪官上司,并在逃亡途中无意间杀死了前来追捕自己的妹夫。虽然万次想放下屠刀却不断被人追杀,还毁掉了妹妹的一生。
由于被八百比丘尼埋进了血仙虫而拥有不死之身的剑士万次,为了解开血仙虫造成的不死之咒语,发誓杀一千个恶人来赎百人斩的罪。遇到身负血仇的孤女凛后,他决定帮助其报仇。一路遭遇凛的仇人「逸刀流」、旨在剿灭逸刀流的幕府密探「无骸流」以及其他种种势力或个人。
在无法界定对错的凛的复仇之旅中,万次打败了一个个强悍的对手——也许对他来说,千人斩的实现仅仅是时间的问题。可是,剑客都是双手沾满鲜血的人,谁为善心,谁又为恶人,万次有鉴定的资格和能力吗?
杀人,就是一种罪,杀恶人也是杀人,这世上真的有可以藉着杀人赎清的罪孽吗?每个人都只是为着自己的理由挥剑而已。对于万次,在过去无可挽回的悔恨中许下了杀千人的悲愿,也许这只不过是继续挥刀活下去的理由,继续杀人的理由……
也许,这不算是乱世——没有战国的烽火,没有维新的狂岚,德川幕府正安然的统治着一切,居高临下的睥睨着剑客之间的争斗,一步步的算计着可以驱使的力量。看起来,一切似乎都在某种控制之中。